Die Story handelt von zwölfjährigen Zwillingen. Deren Eltern, die Wissenschaftler waren, beobachteten am sogenannten „Tag der Konjunktion“ eine große Lichtsäule auf dem Meer, aus der zwei Monster kommen, die sich bekämpften und kurz darauf in einem Energieblitz enden. Die entstehende Explosion verschlug die Eltern der beiden Zwillinge in die fremde Welt. Ai und Yu, so die Namen der Zwillinge, beschließen zwölf Jahre nach diesem Ereignis, auch in die fremde Welt aufzubrechen, um ihre Eltern zu suchen. Dabei benutzen sie eine Phantom-U-Bahn, die in diese Welt führt. In dieser U-Bahn lernen die beiden Kinder Lisa kennen, die wie sie auf dem Weg in die fremde Welt ist. Sie schließt sich den beiden an, um sie zu beschützen. Bald begegnen die drei auch einem schwarz gekleideten Mann, der seine Identität vergessen zu haben scheint und Kaze heißt. Er schließt sich dem Trio jedoch zunächst nicht an. In der fremden Welt, auch „Inner World“ genannt, treffen die drei Charaktere schnell auf einige Monster. Bei einem Monster, das jedoch auch Lisa nicht besiegen kann, kommt der mysteriöse Mann mit seiner Pistole, genannt „Magun“, zur Hilfe. Weitere Helfer sind der Chocobo Chobi und der Erfinder Cid, welche beide Markenzeichen von Final Fantasy sind.